Flora deltei , însumând 955 de specii si 64 de subspecii, reprezinta 1/3 din numarul total de specii cunoscute în flora României.

Predominarea elementului acvatic are ca urmare dezvoltarea vegetatiei de balta, în special a stufului , care ocupa o suprafata de circa 235.000 ha, rezultând cea mai întinsa arie de stufarisuri compacte din lume. Din punct de vedere biogeografic, predomina elementele euroasiatice, urmate de formele estice si cele europene. Din spectrul floristic se constata procentajul foarte ridicat al speciilor cosmopolite si adventive, ceea ce evidentiaza înca o data gradul ridicat al influentei antropice.În functie de biotopul pe care îl ocupa, se întâlnesc urmatoarele categorii de flora spontana : acvatica, emersa si submersa, palustra, halofila, psamofila, segetala si ruderala, paduri si pajisti. Vegetatia acvatica predominant lacustro-palustra este mult întinsa si reprezentata prin plante submerse (cosorul, bradisul, otratelul etc.) sau plante plutitoare (nuferii, ciulinii de balta etc.).

Urmeaza vegetatia specifica zonelor palustre reprezentata prin stuf ( Phragmites australis ), în amestec cu papura ( Typha latifolia si T. angustifolia ), pipirig ( Schoenoplectetus lacustris ) si rogoz ( Carex sp.). Plaurul, ca una din cele mai caracteristice formatiuni ale deltei, reprezinta o împletitura deasa de rizomi si radacini de plante acvatice, resturi vegetale si mâluri aluvionare. Acesta are cea mai larga dezvoltare în lacurile Matita-Merhei si Rosu-Puiu. Ca o unitate aparte se disting nisipurile litorale maritime, unde vegetatia prezinta o gradare caracteristica, cu trecere de la nisipul plajelor cu Cakile maritima, Salsola ruthenica , la dunele înalte cu Elymus sabulosus, Artemisia maritima etc. Vegetatia terestra ocupa suprafete mai reduse si ea apare numai pe grindurile cele mai înalte, cum sunt: Letea, Caraorman, Chilia, Stipoc si diferite grinduri fluviale. Ea este reprezentata prin paduri amestecate, zavoaie de salcie si pasuni.

 

Padurile amestecate sunt constituite din plop alb, Populus alba , plop negru, P. nigra , stejar, Quercus robur, salcie alba, Salix alba , ulm, Ulmus levis etc., ca si de o serie de arbusti (alun, porumbar, maces, paducel, lemn câinesc, corn, catina alba si rosie). Caracteristica pentru aceste paduri, care apar pe grindurile Letea si Caraorman, este prezenta plantelor agatatoare: liana, Periploca graeca , vita-de-vie salbatica, Vitis silvestris , curpenul de padure, Clematis vitalba si altele. Zavoaiele de salcii se întâlnesc mai ales pe grindurile fluviatile, iar pajistile ocupa suprafete restrânse, fie pe grindurile inundabile (unde predomina asociatiile cu numeroase graminee), fie pe cele nisipoase cu specii arenicole.